在南京地区，治疗儿童尖锐湿疣的医疗机构有多家，父母在为孩子选择治疗方法时，确实应优先考虑温和且有效的方案，以减少孩子的痛苦和恐惧，同时也有利于治疗的顺利进行。以下是一些建议的治疗机构和治疗方法：
治疗机构
中国医学科学院皮肤病医院：作为中国皮肤病和性病领域的专业机构，该医院拥有丰富的临床经验和比较好的治疗技术，能够为儿童尖锐湿疣患者提供专业的诊断和治疗服务。
南京圣贝中西医结合门诊（南京圣贝医院）：这是一家专门治疗尖锐湿疣的特色专科医院，也是南京优嘉病毒疣医学研究所附属医院。该医院在治疗尖锐湿疣方面拥有几十年的临床经验，并且针对儿童尖锐湿疣制定了个性化的治疗计划。其采用的中医中药专利组方治疗，给药温和，痛苦小，患者接受度高，同时能达到标本兼治的效果。
南京鼓楼医院：这是一家学科门类齐全、师资力量雄厚、医疗技术比较好的大型综合性三级甲等医院。其皮肤性病科在尖锐湿疣等性传播疾病的诊治方面有着丰富的经验。
江苏省人民医院：这是一所集医疗、教学、科研为一体的大型综合性医院，在皮肤科和儿科领域均具备较高的医疗水平，能够为儿童尖锐湿疣患者提供全面的医疗服务。
治疗方法
对于儿童尖锐湿疣的治疗，建议摒弃常规的物理疗法（如激光、电灼、冷冻等）和手术，这些治疗方法可能给孩子带来身心上的双重负担。相反，可以选择更为温和、且有效的治疗方法，如中医中药治疗。
南京圣贝中西医结合门诊的中药专利组方便是一个值得考虑的选择。该组方以中医理论为基础，结合现代药理学研究，通过科学配伍和精心炮制而成，能够深入病灶，抑制病毒的复制和扩散，同时调节患儿的身体内环境，提升机体免疫力，从而达到去疣清毒、防止复发的目的。
总之，在选择治疗机构和治疗方法时，父母应综合考虑医院的医疗水平、医生团队、诊疗设备以及孩子的实际情况和需求。同时，建议及时咨询专业医生，了解治疗方案和预期效果，以便做出明智的决策。