治疗尖锐湿疣的外用药主要包括鬼臼毒素酊、三氯醋酸或二氯醋酸溶液、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶软膏等，具体用药要谨遵医嘱。
1、鬼臼毒素酊：为抗有丝分裂药，能破坏疣体，需注意此药有致畸作用，孕妇禁用；
2、三氯醋酸或二氯醋酸溶液：都是腐蚀剂，通过对蛋白的化学凝固作用而破坏疣体造成疣组织坏死、干枯、脱落；
3、咪喹莫特乳膏：是局部外用免疫调节药，刺激局部产生干扰素与其他细胞因子，一般使用后8-10周疣体脱落，局部可出现轻中度炎症反应；
4、氟尿嘧啶软膏：通过干扰DNA和RNA合成来抑制细胞生长，需要进行多次治疗，使用时应注意保护正常的皮肤和黏膜；
5、其他药物：还可使用酞丁安乳膏、博来霉素、平阳霉素等药物。
外用药治疗尖锐湿疣会产生一定的效果，祛除患者表面的症状是有一定的疗效的，但是，对于体内病毒是产生不了作用的，还容易引起尖锐湿疣患者的皮肤过敏、红肿甚至溃烂。而因为尖锐湿疣的根源，病毒并没有被消灭的，所以，只用外用药治疗尖锐湿疣是很容易复发的。
南京优嘉病毒疣医学研究所采用“2011101665723”号发明专利中医组方(国家知识产权局可以查询的)，针对各种尖锐湿疣病变，包括腔道内(如：口腔、尿道、宫颈、肛内等)治愈率很高。中医药标本兼治是祖国医学的根本，也是西医西药无法比拟的。