有尖锐湿疣但HPV是阴性可能是因为患者在进行检查时取样不标准导致的，也可能是因为假性湿疣、扁平湿疣等原因导致的。
1、取样不标准
尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染所引起的一种性传播疾病，主要通过性接触传播、间接接触传播、母婴传播等途径传播。临床上患者一般会出现生殖器及肛门周围淡红色或肤色丘疹，后期丘疹会互相融合，形成乳头状、菜花状等赘生物。如果患者在进行检查时取样不标准，可能会导致检查结果出现误差，出现有尖锐湿疣但HPV是阴性的情况。
2、假性湿疣
假性湿疣是一种发生于女性阴部的乳头状良性肿瘤，通常在阴部会出现密集分布的小丘疹，并伴有瘙痒症状，如果患者在进行检查时，没有取到尖锐湿疣，也可能会导致检查结果出现误差，出现有尖锐湿疣但HPV是阴性的情况。
除此之外，也可能是因为阴茎珍珠状丘疹、白带增多、免疫力低下等原因导致的。若患者出现相关不适症状，建议及时就医治疗，以免延误病情。